Dein Problem hängt sicherlich mit deinem Ölverlust zusammen, denn 100 ml ist ja quasi ein trockenes Getriebe.

Die Ursache dafür solllest du dringend rausfinden, ich glaube kaum das einem jemand Getrieböl klaut. Ohne Öl verschleißt innerhalb weniger Kilometer das komplette Getriebe, vorallem als kritisch zu betrachten sind:
1) axiale Bewegung der Schalträder auf den Wellen (evtl. entstehender Grat an der Keilwellenverzahnung, danach Blockieren)
2) Führungen der Schaltgabeln in den Schalträdern
3) Angelaufene/Verbogenen Schaltgabeln
4) Bei extremem Trockenlauf Klemmen der Schaltwalze und Schaltgabeln in den Führungen
Von außen kannst du ja nichts groß an dem Getriebe machen. Ich weiß nicht, ob dein letzter Satz in Bezug auf das schon mehrfache Öffnen des Motors für deinen jetzigen Problemfall gilt. Wenn ja, dann machst du irgendetwas falsch - ein einmal ordentlich gemachter Motor muss wesentlich länger halten. Und wenn das Fahrzeug längere Zeit steht, sollte man vor Fahrtbeginn einmal kurz schauen, ob alles in Ordnung ist (Luftdruck, Ölstand, Bremse..).
Versuchsweise kannst du erstmal wieder Öl nachfüllen. Dann siehst du, ob der Motor irgendwo tropft und gleichzeitig kannst du eine kleine Proberunden drehen, ein Tropfen Öl an der richtigen Stelle wirkt manchmal Wunder.
Viel Erfolg beim Schrauben, Klaus