Ja, das kannst du so machen.
Ich mach das auch immer so, wenn mal irgendwo eine kleine Roststelle oder ein Lackabplatzer ist. Vorsichtig mit etwas Schleifpapier entrosten und glätten, ohne dabei weit in den intakten Lack reinzuschleifen, eventuell mit Tuschkastenpinsel grundieren (Tupfen) und dann mit passendem Reparaturlack und Tuschkastenpinsel die kleine Stelle punktgenau zutupfen. Wenn du den richtigen Reparaturlack hast und genau arbeitest, sieht man das hinterher kaum.
Geh' mit deinem Batteriefachdeckel als Muster in den Lackfachhandel oder einem KFZ-Zubehörladen und such dir unter den hunderten Farben einen Lackstift in genau der passenden Farbe raus. So ein Lackstift kostet so um die 4,- Euro.
Falls du zufällig Berliner bist, bekommst du die Dinger z.B. bei
tip-AUTO...TEILE.